基本的にインストーラを使用してください．NCVC実行に必要なMFCランタイムも併せてインストールされます．
バージョンアップの場合は，最小構成のアーカイブ版(※)からも置換可能ですが，コントロールパネルの『プログラムのアンインストール』（XP以前は『アプリケーションの追加と削除』）一覧に表示されるバージョン名が更新されないなど，使うメリットがないので作者としてはオススメしません．
アンインストールは，スタートメニューの『NCVC』からアンインストールを選択するか，上記『プログラムのアンインストール』からアンインストール可能です．
手動アンインストール等，念のためNCVCが使用するレジストリキーを以下に示します．
\\HKEY_CURRENT_USER\Software\MNCT-S\NCVC
あと .ncd と .cam 拡張子に関連付けされますので，そちらも削除してください．
(※)32ビット版のみ提供されています．アーカイブ版は近い将来なくす予定です．