Perlで組んだ時に標準入出力(リダイレクト)が渡せなかった記憶があったので,引数で入力ファイルと出力ファイルを渡したのかな? Pythonスクリプトも以下のように書き換える必要があります.ご参考に. ファイルをcloseしない行儀の悪い書き方です.
import sys
import re
inFile=open(sys.argv[1])
outFile=open(sys.argv[2], "w")
reg_ignore = re.compile(r'\W')
reg_word = re.compile(r'[A-Z]-?\d+\.?\d*')
for line in inFile.readlines():
if re.match(reg_ignore, line):
print(line, end='', file=outFile)
continue
wordlist = re.findall(reg_word, line)
for w in wordlist:
print(w, end=' ', file=outFile)
print('', file=outFile)